#3 センサモデルへ入力するPhotonCountデータ生成において、SP1/SP2の画素面積の違いの考慮は必要ですか？

不要です。

SP1/SP2のセンサ感度の違いはセンサモデルの中で考慮されます。レンダリングシステムではSP1/SP2の実際の画素ピッチではなく、SP1/SP2ともにセンサとしての画素ピッチを使用してください。

具体的には、汎用I/FのGetPropertyFloat関数で引数にPixelUnitUmを指定して画素ピッチ[μm]を取得してください。

汎用I/Fの詳細は最新の汎用I/F仕様書をご参照ください。